Black Cat ist eine Anime Adaption des gleichnamigen Mangas von Kentaro Yabuki.
Die Chronos, eine weltumspannende Mafiaorganisation haben große Teile der Welt- und Wirtschaftspolitik in ihren Händen. Die Chronos sind mittlerweile unverzichtbar und sorgen mit ihren Profikillern, die Chronos Numbers, für Stabilität, in dem sie Risikofaktoren ausschalten. Die besagten Chronos Numbers bestehen aus 13 Profikillern welche dem Ältestenrat von Chronos unterstellt sind. Doch die Machtstellung von Chronos ist in Gefahr. Die Grupper "Apostel des Planeten" versuchen die Vormachtstellung von Chronos zu brechen und wollen durch massive Mitgliederrekrutierung die Macht an sich reißen.
Im Kern der Geschichte steht der Assasin Train Heartnet, der den Codenamen "Black Cat" trägt. Er ist einer der gefährlichsten Kopfgeldjäger der Welt und tötet so schnell und lautlos wie eine Katze. Doch sein Leben gerät in Umbruch, als er Saya kennen lernt, ebenfalls eine Kopfgeldjägerin. Train erkennnt, dass er mit dem Leben als Auftragskiller nicht zufrieden ist und möchte aussteigen. Creed, ein ehemaliges Chronos Mitglied, erkennt den Einfluss von Saya auf Train. Er möchte Train für seine eigenen Ziele gewinnen und bringt Saya um, damit Train seine vermeintliche Berufung nicht aufgibt, doch Train hält dies nicht davon ab, auszusteigen. Dies sollte eigentlich sein Todesurteil sein, doch er überlebt. Train taucht unter, schließt sich Sven Vollfied und einer kleinen Kopfgeldjägertruppe an und schlägt sich zusammen mit Sven durchs Leben. Doch den Mord an Saya hat er nicht vergessen ...